La estructura orgánica del Partido Democrático de Guinea Ecuatorial está constituida por:
1.‐Órganos Centrales
2.‐Órganos Periféricos
3.‐Órganos de Apoyo
En este sentido, los Órganos Centrales del Partido son aquellos cuya competencia se extiende a todo el territorio de la República de Guinea Ecuatorial, fomentan y sostienen relaciones con cualquier persona física o jurídica, con las limitaciones establecidas por la Ley de Partidos Políticos, sus Estatutos y Reglamento Interior. Son Órganos Centrales del Partido:
1.‐El Congreso Nacional
2.‐El Presidente del Partido
3.‐La Junta Ejecutiva
4.‐El Consejo Nacional
5.‐El Secretario General
6.‐La Oficina Nacional
7.‐El Consejo de Disciplina
Los Órganos Centrales se clasifican en tres bloques:
a) Deliberantes:
1.‐El Congreso Nacional
2.‐El Consejo Nacional
b) De Dirección
1.‐El Presidente del Partido
2.‐La Junta Ejecutiva
c) De Administración y Gestión:
1.‐El Secretario General
2.‐La Oficina Nacional
3.‐El Consejo de Disciplina
Son Órganos Periféricos del Partido:
1.‐El Consejo Provincial
2.‐El Consejo Distrital
3.‐La Comisión Distrital de Seguimiento
4.‐El Consejo Municipal
5.‐La Célula de Base
6.‐La Célula Regional Exterior
Se consideran Órganos de Apoyo al Partido a aquellos que, compuestos por simpatizantes del mismo, coadyuvan a la materialización de sus actividades conforme a los Estatutos y su Reglamento Interior.